portur.top

  

Bästa artiklarna:

  
Main / Cirkos datavisualisering pdf995

Visualisering av Circos-dataprogram pdf995

Cirkulära dataspår stöder naturligtvis visning av information i olika upplösningar. Spår i figurens inre är därför användbara för att visa information med låg upplösning eller sammanfattning. Bilden visar sekvenslikhet mellan människa, schimpans, mus och zebrafisk och är en del av en affisch som ger en visuell rundtur i Circos. Slutförandet av utkastversionen av hundgenomet avslöjade stora överlappningar mellan hund- och mänskliga genomer. Panelen som visas här avslöjar detaljerna i strukturen för sekvenslikhet mellan varje hundkromosom och det mänskliga genomet och varje mänsklig kromosom och hundgenomets botten.

I samarbete med amerikansk forskare genererade Martin Krzywinski en illustration som visar block av likhet mellan de två genomerna.

I samarbete med Jonathan Corum från NYT skapade Martin Krzywinski en illustration av data som visar metylering på kromosom 22 i en mängd olika vävnader.

Illustrationen åtföljer artikeln Nu: resten av genomet, av Carl Zimmer. Circos används för identifiering och analys av likheter och skillnader som uppstår genom genomjämförelser. Circos är effektivt för att visa variationer i genomstrukturen och i allmänhet alla andra typer av positionssamband mellan genomintervaller. Sådana data produceras rutinmässigt genom sekvensinriktningar, hybridiseringsarrayer, genomkartläggning och genotypstudier.

Circos använder en cirkulär ideogramlayout för att underlätta visningen av relationer mellan par av positioner genom användning av band, som kodar position, storlek och orientering av relaterade genomiska element.

Circos kan visa data som spridnings-, linje- och histogramdiagram, värmekartor, brickor, kontakter och text. Bitmapps- eller vektorbilder kan skapas från GFF-typ dataingångar och hierarkiska konfigurationsfiler, som enkelt kan genereras av automatiserade verktyg, vilket gör Circos lämplig för snabb distribution i dataanalys och rapporteringsrörledningar.

En interaktiv onlineversion av Circos utformad för att visualisera tabelldata är tillgänglig. Circos är licensierat under GPL. Krzywinski, M.

Genome Res 2009 19: Skapandet av Circos motiverades av ett behov av att visualisera strukturell variation inom ett genom. Ursprungligen detekterades denna variation med användning av BAC-kloner härledda från tumörgenom - kloner som hade inriktningar mot avlägsna regioner i genomet fångade en omläggning i cancergenomet. Positionerna för dessa inriktningar ritades cirkulärt och densiteten hos inriktningsklonerna som samplades genomet redundant togs som konfigurationen av omarrangemang.

Därefter började vi använda Circos för att visa förhållanden mellan sekvensen för flera genom, vilket visualiserade sekvenssynten och bevarande. Vanligtvis kännetecknas ett genom på flera sätt, var och en med olika upplösning, och Circos användes för att visa förhållandena mellan motsvarande positioner inom dessa representationer e.

Specifika funktioner ingår för att visa data om genomet. Genomet är en stor struktur med lokaliserade regioner av intresse, ofta åtskilda av stora hav av ointressant sekvens. För att visualisera data i detta sammanhang kan Circos skapa bilder med skalning med variabel axel, vilket gör det möjligt att kontrollera lokal förstoring av genomregioner utan att beskära. Skalutjämning säkerställer att förstoringsnivån ändras smidigt. I kombination med axelavbrott och anpassad ideogramordning kan den slutliga bilden enkelt ställas in för att ge den tydligaste bilden av dina data.

Circos liknar kromhjul och i mindre utsträckning genopix. Circos Archetype Låt oss titta på en bild som kännetecknar en typ av genomisk dataillustration - en med ett stort antal länkar och flera högupplösta spår placerade på utsidan. Denna bild dök upp i Conde Nast Portfolio som en del av en artikel om 23andMe.

Denna grafik lager en mängd olika datatyper länkar, värmekartor, brickor, histogram och är ett bra exempel på en Circos-bild. Denna grafik dök upp i Conde Nast Portfolio. Vad visas? Det mänskliga genomet består av 22 par kromosomer 1-22 och paret könskromosomer X, Y. Enskilda kromosomer sträcker sig från cirka 50 Mb chr 21 till cirka 250 Mb chr 1 och utgör tillsammans det 3 Gb humana genomet.

Denna grafik visar kromosomerna arrangerade i cirkulär orientering, visade som kilar, markerade med en längdskala. Data placerade utanför kromosomringen representerar graden av liten och storskalig variation i genomet vid en given position som finns mellan olika populationer.

Data placerade ovanpå kromosomeringen belyser positioner för gener som är inblandade i sjukdomar, såsom cancer, diabetes och glaukom. Data placerade inuti ringen länkar sjukdomsrelaterade gener som finns i samma biokemiska väg grå och graden av likhet för en delmängd av genomfärgad.

Detaljerad bildtext Bilden visar det humana genomet som är antecknat med data relaterade till gener som är inblandade i sjukdomar, variationer som finns i olika populationer och regioner med likhet mellan kromosomer. De 24 enskilda kromosomerna 1. Vissa kromosomer visas i olika fysiska skalor för att illustrera det rika mönstret för datakr2 3x; chrs 18,19,20,21,22 2x; chrs 3,7,17 ​​10x.

Inom varje ideogram visas cytogenetiska band C2. Dessa är storskaliga funktioner som används i cytogenetik för att lokalisera och referera till grova förändringar. På utsidan av ideogrammen representeras genomisk variation mellan individer och populationer av spår A och B.

Antalet katalogiserade platser där enskilda basparförändringar har observerats inom populationer visas som ett histogram A. Stora regioner som har sett sig variera i storlek och kopieringsantal mellan individer är markerade i B. Platser för gener associerade med sjukdom är ovanpå ideogrammen D. D3 visar placeringen av gener som är inblandade i cancer mycket mörkröda, andra sjukdomar mörkröda och alla andra gener röda.

D2 visar placeringar av gener som är inblandade i lung-, äggstocks-, bröst-, prostata-, bukspottkörtel- och tjocktarmscancer, färgade i gradvis mörkare nyans av rött. D1 markerar genpositioner som är inblandade i andra sjukdomar som ataxi, epilepsi, glaukom, hjärtsjukdomar, neuropati, färgade i gradvis mörkare nyans av rött, samt diabetesorange, dövgrön och Alzheimersblå sjukdom.

Grå linjer E förbinder positioner på ideogram associerade med gener som deltar i samma biokemiska vägar. Skuggan av länken speglar genens karaktär - mörkgrå indikerar att genen är inblandad i cancer, grå i sjukdom och ljusgrå för alla andra gener.

Circos hanterar anslutningen av 50 hjärnor —NeuroImage 28 jan Intresserad av nätverksvisualisering? Frustrerad av hårbollar? Se mitt biståndsprojekt. Spunky Scientific Visualization Lär dig säkert om pesten, ebola och marburg vid det dödliga genomdepotet.

New England Journal of Medicine-animering av E. Power of Round Circular dataspår stöder naturligtvis visning av information i olika upplösningar. Dog vs Human Synteny Panel Slutförandet av utkastversionen av hundgenomet avslöjade stora överlappningar mellan hundar och mänskliga genomer.

Circos sniffar hundgenetik hos amerikansk forskare Slutförandet av utkastet till hundgenomet avslöjade stora överlappningar mellan genom och hund genom. Tillämpning av Circos på Genomics Genomics Abstract Circos används för identifiering och analys av likheter och skillnader som uppstår genom jämförelser av genom.

Om du använder Circos, vänligen citera oss:

(с) 2019 portur.top